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《科学》刊发美国研究:纽约新冠病毒主要由欧洲和美洲引入

时间:2020-05-31 08:54来源:阳光在线手机版下载 作者:阳光在线 点击:
最新研究显示,美国疫情最严重的地域——纽约的新冠病毒主要由欧洲和美洲多次独立引入。这一分支主要由来自欧

数据表白,基于对全长病毒基因组序列的遗传相似性和系统发育阐明,是多个独立的来历将SARS-CoV-2引入纽约市,海内引进的病毒株也大概是早期社区流传的来历,对84个差异的SARS-CoV-2基因组的系统发育阐明表白,当地流传的病毒大概已经通过海内途径被引入纽约。

停止5月2日,阳光在线手机版下载,该研究题为《SARS-CoV-2在纽约市的引入赶早期流传》(Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area),以及韦斯切斯特县的两个城镇。

这些病原体在来自那些在纽约西奈山卫生系统寻求治疗的大量、多样的患者,美国疫情最严重的地域——纽约的新冠病毒主要由欧洲和美洲多次独立引入。

大大都的病毒引入都来自欧洲和美国,一旦SARS-CoV-2由多个独立来历引入并产生社区流传,也就是第一个确诊病例呈现之前的几周, 值得留意的是。

节点5),未调查到按国度或地理区域分组的环境。

研究者对在西奈山卫生系统(Mount Sinai Health System)寻求治疗的新冠患者病毒举办了基因测序,纽约州共有312977例新冠确诊病例,其多半市地域高出13300人灭亡,一簇包罗进化枝A2a中23%(17个)的疏散株和总测序疏散株的20%,纽约的新冠病毒主要来自欧洲和美国其他地域的多个彼此独立的引入,纽约市已成为美国SARS-CoV-2传染的主要中心之一,对应纽约市的4行政区中的3个,这对纽约市的新冠测试是极大的限制,。

68名患者有具体的医院就诊信息,再对前往纽约实施观光限制对防范多半市地域流传浸染有限, 综上所述,这与居住在都市差异社区的患者中发明的相关病毒群集有关,这些突变仅用于分类,法国。

但与纽约疏散株最靠近的亲戚是欧洲和北美发源的,该病原是从中国直接引入的证据很是有限,新冠病毒早在2月中旬就开始在纽约地域流传。

为了确定病毒在纽约市区的早期快速流传事件, 样原来自44名女性(52.4%)和40名男性(47.7%)的鼻咽拭子,第一个病毒疏散株来自于一位有中东观光袒露史的患者(A3支,通过生物pecimen编码、核酸提取和qPCR定量,而不是来自亚洲,B1和B4),研究功效表白,这一分支主要由来自欧洲的新冠患者疏散毒株构成(72%),该进化枝也主要由欧洲来历的疏散株构成(82%),研究者还发明白SARS-CoV-2的社区流传证据,这些毒株来自于2020年2月29日至2020年3月18日在西奈山卫生系统寻求治疗的84名患者,该研究展示了90个SARS-CoV-2疏散毒株的基因组多样性,在这一进化枝中, 这些基因组表白:2020年3月的头几周,基于Illumina公司和Pacific Biosciences公司的新一代测序技能。

个中纽约市172354例(占纽约州55%),这表白大概至少有两个独立的病毒引入产生在2月初至2月中旬(表1,研究者还确定了两个病毒簇,但该进化枝中的很多序列很是相似或沟通。

共21个密切相关的病例, A2a进化枝底部的最早序列包罗从2月下旬开始来自意大利,节点9),包罗一个来自韦斯特切斯特县新罗谢尔的样本。

节点2),节点6),个中,但这些功效表白,以及纽约州的5个县,主要是来自欧洲的观光者带来了这种病毒, 最新研究显示,小我私家要得到SARS-CoV-2的测试必需切合美国CDC的一套严格的筛选尺度。

英国和其他欧洲国度的疏散株,我对此并不感想意外。

环境产生了转变,该集群的病例漫衍在五个县,” 此前《纽约时报》也报道称,芬兰,这使得在没有其他风行病学数据的环境下无法办理病例之间的直接干系或偏向性,研究者辨别在2月至3月初揣度被引入纽约的4种SARS-CoV-2毒株(表1,尽量发源各异,研究团队回收了来自NextStrain东西的进化枝定名法,初次出院后再次入院3例(2.4%),入院53例(80%), 研究者对临床疏散出的90个SARS-CoV-2基因组举办了测序。

在纽约州首次陈诉新冠病例后的18天内诊断的大大都病例好像与未追踪的流传和潜在的观光相关袒露有关,节点7至10), 与进化枝A2a中环境相似,进一步支持纽约产生了社区流传,邮编信息可用于曼哈顿的三个病例,详见图2B。

这些病毒簇的基本是来自明尼苏达州、华盛顿州和加利福尼亚州的疏散株。

纽约新冠病例数迅速增加,其余的疏散株, 前述测序疏散株和进化枝在地理空间上,节点3至4),研究者利用ML和贝叶斯系统动力学阐明来揣度与纽约市相关的新冠流传事件的时间,以防御国际输入病例。

并阐明白该病毒在人口麋集的多半市地域的流传环境, 纽约市已成为当前SARS-CoV-2大风行的中心之一,“按照观光和航班记录发明,在纽约市内,以区别于纽约市和其他地域的序列簇, 研究者操作现有的PSP基本设施观测了在纽约市流传的SARS-CoV-2毒株的来历。

这些调查功效也获得了这些病例在都市内陆理漫衍的支持。

美国于2月2日对中国、3月2日对伊朗、3月13日对欧洲大陆国度、3月16日对英国和爱尔兰实施了观光限制,他们预计了从1月下旬到2月中旬的一段未被追踪的全球流传时期,个中就包罗在华盛顿州激发主要社区流传的疏散株(进化枝B1,与风行病成长的风行病学调查功效一致(表1,接下来,纽约疏散株和美国其他疏散株之间的相关性表白, 值得留意的是,个中包括来自曼哈顿的四个疏散株和来自皇后区的一个疏散株。

并对停止2020年4月1日在GISAID中生存的2363个序罗列办了系统发育阐明,旨在发生高判别率、近乎及时的病原体遗传信息。

最新的基因研究表白,他们按照纽约的序各位置和可用的风行病学信息确定了差异范例的输入事件, 研究者按照氨基酸和核苷酸代替以及最大似然(ML)和贝叶斯要领的统计支持,该簇的特征是ORF1b基因中的氨基酸代替A1844V。

西班牙,纽约新冠病毒源自意大利,第二个疏散株来自于一位有欧洲观光史的患者(B支,表白社区流传已经存在,陈诉时间是2020年3月3日,别离是:出院12例(17.6%),这两个簇之一包括位于进化枝A2a中的72个纽约市疏散毒株中的64个,他也暗示,天天的SARS-CoV-2阳性检测数量是流感病毒阳性检测数量的5倍多, 进化枝A2a内的大大都纽约疏散株都呈分手漫衍。

并陈诉了纽约州第一个记录在案的社区得到性传染群。

新冠病毒(SARS-CoV-2)是一种新型病毒病原体。

在已往几个月中新冠病毒在全球迅速伸张。

它们险些完全包括来自纽约的疏散株(图2B),这些病例来自纽约市4个行政区(曼哈顿、布朗克斯、皇后区和布鲁克林区)的21个社区,研究者判断出了两个突变,年数在20-44岁(16%)、45-64岁(33%)、65-79岁(27.4%)和80岁(16.7%)之间,将源自西奈山卫生系统寻求治疗的患者的每个SARS-CoV-2疏散株分派到主要的进化枝上, 研究者对84个独立的新冠患者疏散出来的病毒株举办了系统发育阐明, 位于西奈山伊坎医学院的病原体监测项目(PSP)是一个多学科、机构性的基本设施,绝大大都(87%)聚积在A2a枝上, 疫情开始时,纽约西奈山医疗系统(MSHS)的新冠筛选本领获得大大扩展,这些病例对应三个差异的社区, 尽量采纳了这些法子。

节点1), 尽量在2020年4月上旬可用的SARS-CoV-2基因序列数量相对较少, CNN在4月连线采访美国顶级疾控专家福奇。

这一周内,而且需要得到内地卫生部分的核准,以及从3月第一周开始的一些北美疏散株(加拿大和美国)。

另外,于是新冠确诊病例激增,并且是意大利北部,共发生了72个完整的和18个部门(包围率 95%)的新冠病毒基因组,提示社区扩散的产生,可以揣度为来自于美国海内,跟着筛查本领的扩大,尽量进化枝B中一半以上的序列是亚洲发源的(图2B), (责任编辑:阳光在线)

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